歡迎來到植物暨微生物學研究所蛋白質體核心實驗室網頁。蛋白質體核心實驗室目前有三位具蛋白質體分析經驗的成員，並且有一台四極柱軌道阱混成質譜儀。我們提供中研院植微所及農生中心的研究者最先進的液相層析串聯式質譜蛋白體學服務。我們提供的服務及分析樣品種類非常多樣性。服務分為兩大類：發現蛋白質體學與標的蛋白質體學。發現蛋白質體學的服務包括蛋白質身份鑑定、蛋白質後轉譯修飾鑑定、蛋白質交互作用鑑定、大規模蛋白質體學定量；分析的樣品種類橫跨了植物、細菌及真菌。我們擁有常用蛋白質體學鑑定及分析軟體的資源，提供我們的使用者進行質譜數據分析。

蛋白質體核心實驗室的目標主要有三個。第一、利用尖端的質譜技術對植物生物學及微生物學進行更深入的了解。質譜蛋白質體學能提供研究者宏觀角度探討生物問題並且加速其研究進程。第二、開發新穎的蛋白質體學方法並應用在特異的研究題目。第三、舉行使用者教育訓練，提供使用者最新的質譜蛋白體學知識及數據處理分析技巧。

服務項目

發現蛋白質體學

• 蛋白質身份鑑定
• 蛋白質轉譯後修飾鑑定
• 全面性蛋白質體定量分析
• 蛋白質交互作用鑑定

標的蛋白質體學

• 標的胜肽定量分析（平行反應監測）

服務費用

樣品分析流程

• 專案建立
  1. 使用者與蛋白質體核心實驗室成員討論專案目的
  2. 蛋白質體核心實驗室決定分析樣品流程
• 專案執行
  1. 使用者繳交送件表單及樣品給核心實驗室
  2. 核心實驗室進行樣品前處理及質譜分析
• 專案報告與帳單
  1. 核心實驗室寄送樣品分析報告給使用者
  2. 核心實驗室寄送分析費用帳單給使用者
  3. 使用者繳交費用

樣品送件表單

• 蛋白鑑定/轉譯後修飾/標的蛋白質體學分析
• 全面性蛋白質體學定量分析(iTRAQ/TMT)

儀器

• 奈米級流速液相層析串聯式四極柱軌道阱混成質譜儀
• 高性能液相層析儀
• 中研院蛋白體與蛋白質修飾分析公用質譜儀設施
• 離子淌度暨串聯式四極桿飛行時間質譜儀

有用連結/工具

代表性文獻

• 使用者

1. Ve´lez-Bermu´dez, I. S.; Jain, D.; Ravindran, A.; Chen, C.-W.; Hsu, C.-C.; Wolfgang, S. Tandem mass tag-based phosphoproteomics in plants. Methods Mol. Biol. 2022, 2581, 309-319.
2. Huang, C.-K.; Lin, W.-D.; Wu, S.-H. An improved repertoire of splicing variants and their potential roles in Arabidopsis photomorphogenic development. Genome Biol. 2022, 23(1), 50.
3. Hsu, P.-J.; Tan, M.-C.; Shen, H.-L.; Chen, Y.-H.; Wang, Y.-Y.; Hwang, S.-G.; Chiang, M.-H.; Le, Q.-V.; Kuo, W.-S.; Chou, Y.-C.; Lin, S.-Y.; Jauh, G.-Y.; Cheng W.-H. The nucleolar protein SAHY1 is involved in pre-rRNA processing and normal plant growth. Plant Physiol., 2021, 185(3), 1039–1058.
4. Vélez-Bermúdez, I. C.; Schmidt, W. Chromatin enrichment for proteomics in plants (ChEP-P) implicates the histone reader ALFIN-LIKE 6 in jasmonate signaling. BMC Genomics, 2021, 22(1):845.