Genomic Technology Core

基因體學技術核心實驗室（G-TeC）以提供基因表現（使用生物晶片，次世代核酸定序文庫製備及即時定量PCR），基因組分析（使用次世代定序文庫製備）相關技術的服務。G-TeC亦積極開發相關技術新的實驗方法，藉由迅速建立的實驗流程，以協助植微所及院內和台灣其他學術單位的研究人員於基因體學上的研究分析。基因體學技術核心實驗室包含兩個部門，可在基因體學研究上提供互補的服務。G-TeC 委員會: 負責協助指導G-TeC實驗室的發展方向，包括新的服務項目和實驗資源的開發。 關於G-TeC的意見和反應可以直接與委員會主委或任何委員會成員聯繫。

1.G-TeC Microarray and Sequencing Division

實驗室已購置完整的微陣列生物晶片實驗所需各項儀器設備（包括Agilent 2100生物分子分析儀，Agilent微陣列生物晶片掃描儀和微陣列生物晶片雜合反應箱），以及微陣列生物晶片資料數據分析軟體（Genespring），提供Agilent / Exiqon 微陣列生物晶片實驗服務。

近年來，由於次世代定序（NGS）的技術迅速發展， NGS技術已經被廣泛地應用於基因表現偵測，small RNA和non-coding RNA分析，ChIP定序分析，SNP檢測及定位，以及新物種的全基因組定序。NGS定序文庫的製備是獲得可靠結果的關鍵，依據不同的應用領域，定序文庫的製備方式也有所差異。 G-TeC實驗室提供不同應用領域之定序文庫製備的服務，並可根據研究的需求，進行新定序文庫構築方法的研發。我們已與定序單位建立了定序的合作方式，使G-TeC準備的高品質NGS定序文庫，轉交給院內定序核心實驗室或是定序公司，可以縮短定序資料等待的時間或是方便使用最新一代的NGS技術進行分析，對研究人員來說是經濟又方便的服務。

目前的NGS定序庫製備服務項目包括 :

►Illumina 定序平台

• Genomic DNA library preps
• Stranded specific RNA-Seq library preps (poly-A enrichment or rRNA-depletion)
• miRNA-Seq library preps
• Mate Pair library preps
• Library preps from ChIP samples
• Parallel analysis of RNA end (PARE) library preps
• RiboSeq library preps
• PAT (polyA Tail) RNAseq library
• 16S/ITS amplicon library (New)
• Enzymatic Methyl-seq (EM-seq) library (New)
• Low input RNAseq library (>10 ug RNA)
• SMARTer-seq Ultra Low Input RNA library (>10 pg RNA) (New)

►PacBio 定序平台-long insert DNA sequencing library preparation

►Oxford Nanopore Technology (ONT) library construction and sequencing

• Genomic DNA and native barcoding genomic DNA sequencing
• Direct RNA sequencing (New)
• Direct cDNA barcoding sequencing (New)

核心實驗室也提供QX200微滴式數位核酸偵測系統，生物分子分析儀  -Bioanalyzer, Fragment Analyzer 及Qubit核酸定量分析服務。

►服務費用: 植微所使用者，請連結至所內專區。其他單位使用者請與 素珍聯絡。

►樣本送件表格 (Bioanalyzer, Fragment Analyzer, microarray 及 NGS library construction)。 其他單位使用者請與 素珍聯絡。

2. G-TeC DNA Analysis Division

提供核酸定序服務與即時定量PCR技術支援。核酸定序配合中研院ABI 3730XL DNA Analyzer，定序分析後的樣品，通過PeakTrace再次分析，可增加700-800bp後面序列的可用讀取長度。PeakTrace分析需額外收費，每個樣本台幣3元；但是，只有在PeakTrace成功擴展可用讀取長度時才會收取此額外費用。我們以穩定的服務品質，協助解決核酸分析實驗的問題，提供高通量功能基因學的研究。本核心設施位於植物暨微生物研究所2樓核酸分析核心儀器室208室。The QuantStudio 12K Flex Real-Time PCR System 可以提供HRM的實驗。

►樣本送件表格