我們研究的對象以真菌為主，目前有兩個主要的研究方向：一、炭角菌科真菌的分類學研究及親緣關係探討；二、黑翅土白蟻巢中真菌多樣性及生物學研究。

      炭角菌科真菌屬於核囊菌綱，為一群常見的中、大型子囊菌。它們具有全球性分佈，但在熱帶及亞熱帶具有較高的多樣性。全世界種數應不下一千種，在臺灣已知的種類為兩百種左右。大部份種類的生長基質為被子植物的木材、種子、果實或葉片；少數種類可在裸子植物或樹蕨上找到。另有一些由白蟻巢長出。許多種類具有腐朽木材的能力，而有一些為造成植物根腐或潰瘍的病原菌。許多研究也顯示炭角菌科真菌為經常分離到的植物內生真菌。炭角菌科可區分成炭角菌亞科及炭團菌亞科。我們已完成炭團菌亞科中多數屬之世界性專誌研究，現正致力於炭角菌亞科、尤其是炭角菌屬之系統分類學研究。我們對炭角菌科真菌的親緣關係探討，除了由多個蛋白質基因序列來推論不同系群，並試著找出屬於同一系群的種類是否具有共同特性，如有性構造的形態特徵、無性構造的產孢方式、菌落的類型、生長基質的種類、地理分佈的差異等。

      全世界能夠栽培真菌並與之形成外共生關係的白蟻種類約有330種，均屬於大白蟻亞科，在其巢中真菌花園裡所栽培的真菌為屬於蟻巢傘屬、俗稱為雞肉絲菇之菇類。由廢棄的白蟻巢所長出的真菌多屬於炭角菌屬。雖然臺灣僅有一種大白蟻亞科白蟻—黑翅土白蟻，我們已經由其蟻巢發現相當高的真菌多樣性，包含四種蟻巢傘和15種炭角菌，相信還有更多種類等待發現。我們已經在實驗室中，將不同雞肉絲菇種類成功地接種於白蟻巢中，期望能透過觀察白蟻以真菌為其作物的農業行為，學習到人工栽培雞肉絲菇的條件。另外，我們也對炭角菌存在於白蟻巢的生物意義及其傳播途徑進行探討。