[陳柏仰] ATACgraph：分析ATAC-seq並視覺化染色質開放區域的生物資訊工具
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ATACgraph是一個包含數個專門分析ATAC-seq的工具集。其功能包含刪除粒線體或質粒體DNA序列、產生序列片段長度的分佈圖以及計算片段周期性變化作為檢視序列品質、識別出染色質開放區域以及此區域在基因組特徵的富集情形、比較兩組ATAC-seq資料、比較染色質開放程度與基因表現之間的相關性等。
Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq)是一種能有效且精確偵測染色質開放程度（chromatin accessibility）的的次世代定序實驗方法。現有的ATAC-seq的分析工具多沿用染色質免疫沉澱定序（ChIP-seq）的分析方式，而沒有考慮ATAC-seq的專屬特性。我們開發了名為ATACgraph的生物資訊軟體分析和視覺化ATAC-seq資料以研究染色質開放區域。 ATACgraph可顯示出染色質開放區域，包括辨別出無核小體區域（NFR）和核小體佔據區域。 ATACgraph還可以偵測兩個ATAC-seq樣本之間在染色質的差異開放區域。 另外，使用者可以利用Galaxy平台，直接透過圖形界面操作ATACgraph。無需在本地或雲端上進行繁瑣的安裝過程，就可以使用預先設計的工作流程或者自行設計，再通過網頁來分析數據。總體而言，ATACgraph是專為ATAC-Seq設計分析的工具，提供生物學家分析染色質的開放程度。 ATACgraph可以在任何ATAC-seq數據上運行，而不受特定基因組的限制。該軟體包括使用及教學說明可至https://github.com/RitataLU/ATACgraph 下載。