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[陳柏仰] 分析全基因體DNA甲基化和基因表現關聯性的生物資訊軟體 - MethGET

Teng <em>et al</em>., 2020, BMC Genomics

圖、MethGET的流程圖及分析結果

DNA甲基化是生物體中常見的表觀遺傳修飾之一,能在不影響基因序列下也能調控基因表現,但此調節機制尚有許多未知,越來越多生物學家開始對DNA甲基化和基因表現的關聯性產生興趣。隨著高通量次世代定序 (NGS) 的進步,有越來越多的全基因體DNA甲基化及基因表現量資料可以被取得,但能探討DNA甲基化和基因表現量的關聯性的工具卻很少。

在此研究中,我們用Python開發了MethGET這個生物資訊軟體,建立一個適合分析全基因體DNA甲基化及基因表現關聯性的工具,MethGET提供了方便使用者操作的網頁介面,讓使用者能夠上傳自己的資料並一鍵下載分析結果。在DNA甲基化和基因表現的關聯性分析上,MethGET不僅能分析單一基因體內的關係,還可分析兩組處理間甲基化對基因表現的影響。此外,使用者可對不同甲基化形式以及基因體的位置進行多種分析及視覺化的呈現,並可應用於任何物種上。我們將MethGET應用到水稻不同再生時期的數據中,發現CHH甲基化在基因上可能影響組織培養過程中的基因表現,這證實了MethGET在表觀遺傳學研究中的應用能力。相信透過MethGET這個工具,既能節省研究時間,還可以探究更多DNA甲基化調控基因表現的秘密。

網站連結:https://paoyang.ipmb.sinica.edu.tw/methget

程式連結:https://github.com/Jason-Teng/MethGET

*本論文第一作者為植微所暑期大學生培育計畫學生鄧景升