[顧銓] 巨病毒演化的時間樹
發稿時間:病毒對人類健康與糧食安全構成重大威脅，並且是環境中影響各類生物豐度的關鍵因子。然而，我們對於不同病毒在地球上存在了多久仍所知甚少，關於它們的起源與遠古演化也普遍缺乏了解。動植物可以用化石作為分子定年分析的校準點，然而病毒卻受限於缺乏化石紀錄。在本研究中，我們開發了一種利用宿主校準的病毒定年方法，並推測了巨病毒（整個核胞病毒門）的演化時間尺度。這類病毒擁有大型基因體，並感染各式各樣的真核生物（包括許多脊椎與無脊椎動物、真菌、藻類、變形蟲、鞭毛蟲等等）。本研究的演化時間樹提供了各巨病毒支系的起源時間，例如感染動物的虹彩病毒與非洲豬瘟病毒最初各在古生代與中生代左右演化自感染變形蟲的祖先。我們也發現核胞病毒門起源自地球氧氣顯著上升的時期，這與過去研究顯示巨病毒複製仰賴粒線體提供大量能量一致。儘管巨病毒的出現遠晚於真核生物，它們在過去數億年間透過大量宿主轉換擴散至所有主要真核生物類群，成為了宿主範圍極廣的一群病毒。
我們感謝植微所生物資訊核心實驗室及國家實驗研究院國家高速網路與計算中心（NCHC）提供的計算與儲存資源。研究經費來自中央研究院前瞻計畫 AS-CDA-110-L01與國家科學及技術委員會（NSTC）專題研究計畫111-2611-M-001-008-MY3。本論文刊載於1983年創立的國際學會期刊《分子生物與演化》(Molecular Biology and Evolution)。
巨病毒（核胞病毒門）的演化時間樹顯示各個主要支系在過去十億年內的分支時間。LNCA：last Nucleocytoviricota common ancestor（核胞病毒門的最後共同祖先）。節點線段：95% 信賴區間。