[郭志鴻] 基因體學視角下的原核生物分類學：以基因內容差異探究屬級分類
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Figure. Relationships among representative Mollicutes species. (A) Core-genome phylogeny. (B) Gene content differentiation.
分類學的核心在於將生物分群並命名，為生物學研究及科學溝通奠定基礎。隨著基因體學技術的進步，基因體序列分析已成為原核生物在「種」（species）這個層級的重要分類工具。然而，如何將基因體分析應用於更高的分類層級，至今學界仍缺乏共識。
為探究此議題，由中研院植微所郭志鴻（Chih-Horng Kuo）研究員主導的國際合作團隊，以柔膜菌綱（Mollicutes）中的物種作為研究材料，進行了系統性的基因體學分析。研究團隊結合基因內容差異分析、資料視覺化及親緣關係探討，深入解析不同物種如何形成自然分類群，並與「屬」（genus）的分類階層相對應。
此研究發現，近年來針對柔膜菌綱的分類修訂過於細化，導致新命名的數個屬之間缺乏明確的基因內容差異，亦缺乏與生態特性的連結，甚至有部分物種因前人研究使用錯誤資料而被歸類至不適當的屬。這些結果為未來的分類修訂提供了堅實的基礎，確保對這些重要病原的分類與命名可更加合理與精準。此外，研究中所發展的生物資訊分析觀念及方法，亦可廣泛應用於其他原核生物的分類研究，或是其他的分類階層。
該成果已發表於英國微生物學學會（Microbiology Society）旗下期刊《微生物基因體學》（Microbial Genomics）。論文作者包括郭志鴻實驗室的顏小華（Xiao-Hua Yan）、裴慎謙（Shen-Chian Pei）、顏席清（Hsi-Ching Yen），以及來自法國、加拿大、美國的合作學者。團隊中，Alain Blanchard、Gail E. Gasparich與郭志鴻為國際原核生物系統分類學委員會（International Committee on Systematics of Prokaryotes; ICSP）下所屬之柔膜菌分類學子委員會（Subcommittee on the Taxonomy of Mollicutes）成員。本研究主要由中研院資助完成。