陳榮芳

陳榮芳
Chen, Long-Fang
研究員

所長

Ph.D. Agronomy, Iowa State University, USA (1985)
M.S. Biology, South Dakota State University, SD, USA (1981)
B.S. Agronomy, National Taiwan University, (1976)

TEL: 

+886-2-2787-1184 (Office)
+886-2-2787-1075 (Lab)

研究主題:利用功能性組體學研究探討綠豆抗蟲性及沉香有用二次代謝物之生合成操縱

研究室近年來之主要研究興趣在利用功能性組體學研究,探討作物在生長發育及與環境因子互動下之功能性組體性之調變,著重於綠豆抗豆象轉譯農學與沉香有用二次代謝物之系統性分析。

綠豆抗豆象之轉譯農學研究:

綠豆是南亞與東南亞的重要作物,但其貯藏過程會受到豆象危害並造成經濟上的嚴重損失。研究室與台大及亞蔬中心合作針對不同豆象抗性綠豆進行基因體、轉錄組體、蛋白質組體與代謝組體研究,期找出綠豆抵抗豆象的因子以作為綠豆育種的分子標記。目前已透過次世代定序與生物資訊分析綠豆基因組體和轉錄組體,並完成豆象抗性綠豆RIL59 之基因體組裝並整合綠豆轉錄組體資料,並藉由基因體與轉錄組體資料分析比較,發現91 個差異性表現基因與148 個蛋白質序列改變基因(Fig. 1)。結合蛋白質組體研究,發現70 個差異性蛋白質;利用代謝組體分析,找出9 個與豆象抗性緊密連結的代謝物。目前仍持續鑑定這些基因、蛋白質與代謝物在綠豆抗豆象扮演的角色並尋找分子育種標記,以作為綠豆抗豆象方面的研究與應用。

沉香樹高價值代謝物之研究:

沉香是富含二次代謝物並具有許多對人類有益的功用之物質,也因此大量的沉香樹遭人非法濫伐。本研究室承襲退休研究員黃麗春博士沉香試管內微體繁殖技術,並藉助高通量核酸序列技術來對沉香(Aquilaria agallocha) 的基因體和轉錄組體進行解序,開拓沉香重要有用成分生合成相關基因之調控與利用。目前已完成基因體解序, 結合RNA-seq和BS-seq (Bisulfitesequencing) 的研究,並從結果推測其中二次代謝物苦瓜素(cucurbitacins) 的生合成途徑(Fig.2)。也探討了試管內操縱茉莉酸甲酯處理以及紅光、遠紅光處理下,沉香苗苦瓜素含量及相關基因的表達情形,以期提升沉香該二次代謝物之生產。

All publication list

 

Selected publication list

 

  • Lin CP, Ko CY, Kuo CI, Liu MS, Schafleitner R, Chen LFO*. (2015) Transcriptional slippage and RNA editing increase the
    diversity of transcripts in chloroplasts: insight from deep sequencing of Vigna radiata genome and transcriptome. PLOS
    ONE 10(6): e0129396.
     
  • Kuo TCY, Chen CH, Chen SH, Lu IH, Huang LC, Lin CY, Chen CY, Lo HF, Jeng ST, Chen LFO*. (2015). The effect of red
    light and far-red light conditions on secondary metabolism in agarwood. BMC Plant Biology 15:139.
     
  • Chou YL, Ko CY, Chen LFO, Yen CC*, Shaw JF*. (2015) Purification and immobilization of the recombinant Brassica
    oleracea chlorophyllase 1 (BoCLH1) for the production of chlorophyllide and phytol. Molecules 20:3744-3757.
     
  • Liu MS, Ko MH, Li HC, Tsai SJ, Lai YM, Chang YM, Wu MT, Chen LFO*. (2014) Compositional and proteomic analyses
    of genetically modified broccoli (Brassica oleracea var. italica) harboring an agrobacterial gene. Int. J. Mol. Sci.15:15188-15209.
     
  • Chen CH, Kuo TCY, Yang MH, Chien TY, Chu MJ, Huang LC, Chen CY, Lo HF, Jeng ST, Chen LFO*. (2014) Identification
    of cucurbitacins and assembly of draft genome for Aquilaria agallocha. BMC Genomics 15:578.
     
  • Liu MS, Li HJ, Lai YM, Lo HF, Chen LFO*. (2013) Proteomics and transcriptomics of broccoli subjected to exogenously
    supplied and transgenic senescence-induced cytokinin for amelioration of postharvest yellowing. J. Proteomics 93:133-144.
     
  • Li, P, Liu MS, Kim SY, Chen LFO, Fletcher J, Sung ZR*. (2013) EMBRYONIC FLOWER1 and ULTRAPETALA1 act antagonistically
    on Arabidopsis development and stress. Plant Physiology 162:812-830.
     
  • Liu MS, Chen LFO*, Lin CH, Lai YM, Huang JY, Sung ZR*. (2012) Molecular and functional characterization of broccoli
    EMBRYONIC FLOWER 2 genes. Plant Cell Physiol. 53:1217-1231.
     
  • Lin CH, Huang JY, Chen LFO*. (2012). Cloning of broccoli HMG-I/Y gene as an endogenous reference gene for quantitative
    real-time PCR in transgene copy number determination. Bot. Studies 53:19-30.
     
  • Liu MS, Li HJ, Chang YM, Wu MT, Chen LFO*. (2011) Proteomic analysis of stress-related proteins in transgenic broccoli
    harboring a gene for cytokinin production during postharvest senescence. Plant Sci. 181:288-299.

博士後研究 Postdoctoral Research Associate
劉茂森 Mao-Sen Liu
柯嘉昀 Chia-Yun Ko
林青平 Ching-Ping Lin

研究助理 Research Assistant
李惠君 Hui-Chun Li
陳素卿 Su-Ching Chen
朱美如 Mei-Ju Chu
郭靜儀 Ching-I Kuo

研究助理 Part time Research Assistant
黃家媛 Jia-Yuan Huang
林青緣 Ching-Yuan Lin