[陳柏仰] 阿拉伯芥全基因體DNA甲基化的生物資訊線上分析平台

利用全基因體甲基化定序(Whole Genome Bisulfite Sequencing; BS-seq), 研究人員得以研究基因體上的重要問題如基因組印記(Genomic imprinting)、轉錄調控、細胞發育和分化。由於BS-Seq實驗與資料分析相當複雜,我們發展出一個生物資訊平台:TEA,專門分析模式植物阿拉伯芥(Arabidopsis thaliana)上進行的全基因組甲基化數據。為了清楚呈現DNA甲基化程度以及資料呈現,我們 以JAVA編寫甲基化資料定位(Mapping)的結果。經由數據上傳TEA伺服器配置於網路的平台(Web-based platform),並透過連結資料如更新的阿拉伯芥註解資料庫和工具包進行分析。TEA是一有效率的線上分析平台,並提供了幾種分析方法來幫助用戶了解WGBS的資料。(Su et al., 2016, BMC Genomics)

線上分析網址:http://tea.iis.sinica.edu.tw. 本發表論文是與中央研究院資訊科學研究所林仲彥的共同合作。